Prof. Dr.Ender Pehlivanoğlu 1979'da hükümet tabipliği, 1980 yılında Askeri Hekimlik yaptı. 1981 yılında Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalını bitirdi. 

1985 yılında Londra- Royal Postgraduate Medical School, Neonatoloji eğitimi aldı. 1985'te Dünya Sağlık Örgütü'ne (WHO) girdi.

1985-1988 yılları arasında Kalifornia Üniversitesi Los Angeles (UCLA): Pediatrik Gastroenteroloji Hepatoloji Beslenme Eğitimi gördü.1988-2011 yılları arasında Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Pediatrik Gastroenteroloji Bilim Dalı Öğretim Üyesi oldu.  

Şuanda Ulus Liv Hospital Çocuk Gastroenterolojisi bölümünde hizmet veren Prof. Dr.  Ender Pehlivanoğlu, Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Vakfına da 2011 yılından beri devam ediyor. 

Araştırmalar ve yayınlar

Kitap: 6 adet

Uluslararası Makale: 70 adet

Ulusal: 50 adet

Uluslararası Dergilerde Hakemlik Görevi: 20 adet

Uluslararası Konferans Sunumları: 20

Bilimsel danışma kurulu üyelikleri

Pediatrik Beslenme Dergisi; 2006-2009 (Editör)

Clinic Pediatrik Gastroenteroloji ve Hepatoloji, 2010,2011, 2012, 2013, 2014, 2015 (Editör)

Konsept Sağlık ve Yaşam Dergisi: 2014-2015 (Editör)

International Journal of Gastroenterology