Prof. Dr. Cem Aygün 1996 yılında Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi'ni bitirdi. 2001 yılında İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa Tıp Fakültesi İç Hastalıkları bölümünde uzmanlık, 2007 yılında Kocaeli Üniversitesi Tıp Fakültesi Gastroenteroloji bölümünde yan dal eğitimi aldıç 

2011 Fırat Üniversitesi Tıp Fakültesi'nde doçent, 2012 Fırat Üniversitesi Tıp Fakültesi'nde profesör ünvanına sahip oldu. 2008 - 2009 yılları arasında Adıyaman Devlet Hastanesi'nde, 2009 - 2012 yıllarında Fırat Üniversitesi Tıp Fakültesi'nde, 2012 - 2015  yılları arasında İstanbul Medipol Üniversitesi Tıp Fakültesi'nde çalıştı.

2012 yılında  University College of London, Endoskopik Ultrason bölümünde bulundu. Prof. Dr. Cem Aygün 2015 yılından bu yana Altunizade Acıbadem Hastanesi'nde Gastroenteroloji, Endoskopi bölümünde hizmet veriyor.

ÜYELİKLER

Türk Gastroenteroloji Derneği

Türkiye Karaciğer Araştırmaları Derneği

European Association for The Study of The Liver

Türk Karaciğer Araştırmaları Derneği

European Society of Gastrointestinal Endoscopy

Türk Gastroenteroloji Derneği