Prof. Dr. Cüneyt Erdoğan 1994 yılında Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi'ni bitirdi. 2000 yılında Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi'nde uzmanlık eğitimi aldı.
2003-2004 yılları arasında Girişimsel Nöroradyoloji Eğitimi Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi'nde Yrd. Doçentlik, 2004-2006 yılları arasında Uludağ Üniversitesi'nde Doçentlik, 2006 yılında Uludağ Üniversitesi'nde Profesörlük, 2012 yılında Uludağ ÜniversitesiTıp Fakültesi Dekan Yrd. yaptı.
2015-2017 yılları arasında Uludağ Üniversitesi'nde çalıştı. Prof. Dr. Cüneyt Erdoğan şuanda Medicana Bursa'da Girişimsel Radyoloji bölümünde hizmet veriyor.